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Références bibliographiques
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Présentation des activités
L'UMR 8030 « Génomique Métabolique », explore la biodiversité des organismes par l'analyse de leur génome, participant ainsi de façon significative à l'exploration globale de l'arbre du vivant. Récemment l'apparition de nouvelles technologies de séquençage a donné accès à l'exportation globale de la biodiversité de consortia d'organisme partageant un même biotope. Le déluge de données de séquences de novo s'accompagne aussi d'un accroissement du nombre de gènes dont les fonctions restent totalement inconnues. Le Genoscope et l'UMR ont donc décidé d'étendre l'étude de la biodiversité des génomes à celle des réactions chimiques réalisées par le vivant.
Thèmes de recherche
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Analyse comparative de génomes eucaryotes/procaryotes (plantes, animaux, protozoaires et bactéries) et de très grands jeux de données métagénomiques et métatranscriptomiques en particulier ceux obtenus dans le cadre du projet TARA OCEANS.
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Annotation et analyse comparative de génomes procaryotes, prédiction et comparaison de réseaux métaboliques.
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Etude du métabolisme des procaryotes et de leurs acteurs : les enzymes, pour obtenir une vision globale de la chimie d'une cellule et contribuer au développement d'une chimie plus « eco-compatible ».
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Identification de nouvelles réactions enzymatiques de bioconversion chez les bactéries en s'appuyant sur des analyses génomiques. Introduction d'étapes biocatalysées dans des processus de chimie de synthèse.
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Développement de bactéries «châssis» pouvant assimiler des C1 réduits (ex : méthanol) obtenus à partir du C02, implémentation dans ces bactéries «hôtes» de voies synthétiques pour la production de molécules d'intérêt pour l'industrie.
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Recherche de méthodes biologiques pour dégrader des xénobiotiques, un cas d'étude : la choredecone.
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